Chính phủ yêu cầu xử lý các vướng mắc thuế, hải quan theo kiến nghị của VAFIE

Theo Công văn số 9600/VPCP-KTTH ngày 21/9/2026, Văn phòng Chính phủ cho biết Phó Thủ tướng Nguyễn Văn Thắng đã yêu cầu Bộ Tài chính, theo chức năng và nhiệm vụ, xem xét, xử lý các kiến nghị của VAFIE tại Công văn số 118/HHDNĐTNN-HĐTN ngày 11/8/2026 theo thẩm quyền và quy định pháp luật. Những nội dung vượt thẩm quyền cần được kịp thời báo cáo cấp có thẩm quyền.

Trước đó, VAFIE đã tổng hợp một loạt vướng mắc nổi bật mà cộng đồng doanh nghiệp, đặc biệt các doanh nghiệp FDI trong lĩnh vực sản xuất, xuất khẩu và tham gia chuỗi cung ứng toàn cầu, gặp phải trong quá trình thực hiện chính sách thuế và hải quan.

Một trong những nhóm vấn đề được VAFIE đề cập là hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ bán trong khu vực cách ly sân bay.

Theo Hiệp hội, trong giai đoạn từ năm 2016 đến tháng 6/2025, doanh nghiệp kinh doanh tại khu vực cách ly sân bay gặp khó khi đáp ứng các điều kiện về hợp đồng và thanh toán qua ngân hàng để được hoàn thuế GTGT đầu vào.

Trong khi đó, đặc thù của hoạt động bán lẻ tại khu vực này là khách hàng đã làm thủ tục xuất cảnh hoặc vừa xuống máy bay nhưng chưa hoàn thành thủ tục nhập cảnh, nên nhiều giao dịch, nhất là bán hàng, ăn uống, vẫn được thanh toán trực tiếp.

Từ ngày 1/7/2025, quy định mới đã ghi nhận rõ hàng hóa, dịch vụ cung cấp trong khu vực cách ly là hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, được áp dụng thuế suất GTGT 0% và được khấu trừ, hoàn thuế đầu vào mà không yêu cầu hợp đồng hay thanh toán qua ngân hàng như trước. VAFIE vì vậy đề nghị có cơ chế xử lý đối với số thuế đầu vào của giai đoạn trước ngày 1/7/2025, theo tinh thần của quy định mới.

Một vướng mắc khác liên quan đến hàng hóa đưa vào kho ngoại quan trước ngày 1/7/2025. VAFIE cho biết có trường hợp doanh nghiệp bán hàng cho thương nhân nước ngoài, hàng được đưa vào kho ngoại quan nhưng giao dịch không được áp dụng thuế suất GTGT 0% và không được hoàn thuế đầu vào.

Theo Hiệp hội, vấn đề nằm ở cách xác định hàng hóa đưa vào kho ngoại quan có phải là hàng xuất khẩu hay không. VAFIE cho rằng kho ngoại quan là khu vực hải quan riêng, nên việc áp dụng thuế suất 0% đối với hàng hóa đưa vào đây phù hợp với nguyên tắc thuế GTGT theo điểm đến; khi hàng được đưa từ kho ngoại quan vào nội địa, bên nhập khẩu sẽ thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định. Hiệp hội đề nghị Bộ Tài chính có hướng dẫn thống nhất, trong đó xem xét cả các giao dịch phát sinh trước ngày 1/7/2025.

Vấn đề thứ ba là chi phí thuê lại lao động phát sinh trước năm 2025. Một số doanh nghiệp phản ánh các khoản chi này bị loại khỏi chi phí được trừ khi tính thuế do hoạt động thuê lại lao động không thuộc danh mục công việc được phép theo quy định pháp luật chuyên ngành.

VAFIE lưu ý rằng nhiều doanh nghiệp sản xuất, nhất là trong các ngành điện tử, công nghệ cao, cơ khí, dệt may, sử dụng thuê lại lao động để đáp ứng đơn hàng đột xuất hoặc nhu cầu sản xuất theo mùa vụ. Nếu các khoản chi phát sinh trong những năm trước bị loại dựa trên quy định mới có hiệu lực từ năm 2025, doanh nghiệp có thể phải đối mặt với khoản truy thu, tiền chậm nộp và xử phạt lớn. Hiệp hội đề nghị có hướng dẫn thống nhất, tránh áp dụng quy định mới để xử lý hồi tố các khoản chi phát sinh trước khi quy định mới có hiệu lực.

Vấn đề thứ tư liên quan đến hóa đơn của nhà cung cấp. VAFIE phản ánh có trường hợp tại thời điểm mua hàng, nhà cung cấp vẫn hoạt động hợp pháp, có mã số thuế và hóa đơn, chứng từ đầy đủ. Tuy nhiên, nhiều năm sau, nhà cung cấp bị xác định bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc nằm trong diện rủi ro về hóa đơn. Khi đó, doanh nghiệp mua hàng có thể bị loại chi phí hoặc không được khấu trừ, hoàn thuế.

VAFIE kiến nghị không nên lấy việc nhà cung cấp phát sinh vấn đề sau thời điểm giao dịch làm căn cứ duy nhất để xử lý doanh nghiệp mua hàng, nếu tại thời điểm giao dịch doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kiểm tra và có hồ sơ chứng minh giao dịch thực tế. Theo Hiệp hội, chỉ khi có căn cứ chứng minh giao dịch không có thật hoặc doanh nghiệp có hành vi gian lận thì mới nên truy thu. Đồng thời, cần có thời hạn xác minh rõ ràng để tránh việc hồ sơ hoàn thuế bị kéo dài, gây áp lực dòng tiền.

Vướng mắc thứ năm là thuế GTGT đối với dịch vụ cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất. VAFIE cho biết cách hiểu tại một số địa phương chưa thống nhất, trong đó có cách tiếp cận cho rằng dịch vụ chỉ được hưởng thuế suất 0% nếu được thực hiện ngay trong khu phi thuế quan.

Trong thực tế, nhiều dịch vụ như sửa chữa máy móc, kiểm định, logistics, khai báo hải quan, tư vấn kỹ thuật hay pháp lý có thể được thực hiện bên ngoài khu phi thuế quan nhưng phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất, xuất khẩu của doanh nghiệp chế xuất. VAFIE đề nghị xác định nơi “tiêu dùng” dịch vụ dựa trên đối tượng thụ hưởng, mục đích sử dụng và mối liên hệ với hoạt động sản xuất xuất khẩu, thay vì chỉ căn cứ vào địa điểm thực hiện dịch vụ.

Bên cạnh đó, VAFIE đề nghị tháo gỡ vướng mắc về hạch toán doanh thu, giá vốn và quyết toán thuế TNDN đối với các hợp đồng xây dựng kéo dài nhiều năm. Theo Hiệp hội, doanh thu của các công trình dài hạn có thể được ghi nhận theo tiến độ, trong khi chi phí thực tế lại phát sinh không đồng đều qua các năm. Nếu cơ quan thuế xem xét riêng từng kỳ và loại chi phí trong những năm chi phí cao hơn doanh thu, kết quả có thể làm sai lệch hiệu quả thực tế của cả dự án.

Hiệp hội đề nghị cho phép quyết toán tổng thể đối với toàn bộ hợp đồng khi công trình hoàn thành, bàn giao; đồng thời ghi nhận đầy đủ các khoản chi phí thực tế có hóa đơn, chứng từ hợp pháp và liên quan trực tiếp đến công trình.

Một trường hợp cụ thể khác được VAFIE nêu là việc xác định thời gian miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản tại dự án KCN An Dương, Hải Phòng. Hiệp hội cho rằng tiến độ dự án từng được điều chỉnh chính thức, trong khi nguyên nhân chậm tiến độ có liên quan đến việc bàn giao mặt bằng. Do đó, cơ quan thuế cần xem xét toàn bộ quá trình pháp lý và thực tế triển khai dự án thay vì chỉ căn cứ vào tiến độ tại giấy chứng nhận đầu tư ban đầu.

Trong lĩnh vực hải quan, VAFIE tập trung vào hai vấn đề có liên quan trực tiếp đến hoạt động sản xuất, xuất khẩu.

Thứ nhất là hoàn thuế nhập khẩu đối với nguyên vật liệu nhập khẩu tại chỗ để sản xuất hàng hóa sau đó xuất khẩu 100% ra nước ngoài.

Theo Hiệp hội, một số doanh nghiệp gặp vướng do cách hiểu về điều kiện “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam”. Trong khi đó, hàng hóa sau quá trình sản xuất thực tế đã được xuất khẩu toàn bộ ra nước ngoài. VAFIE cho rằng việc xác định quyền hoàn thuế nên tập trung vào việc doanh nghiệp có đáp ứng đầy đủ điều kiện, hồ sơ chứng minh nguyên vật liệu nhập khẩu đã được sử dụng để sản xuất hàng hóa thực tế xuất khẩu hay không, thay vì phụ thuộc vào tình trạng hiện diện của thương nhân nước ngoài.

Thứ hai là hoàn thuế GTGT đối với nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu nhưng doanh nghiệp gặp khó trong việc xác nhận số thuế chưa được khấu trừ.

VAFIE dẫn trường hợp một doanh nghiệp Nhật Bản tại Hà Nam đã xuất khẩu 100% sản phẩm nhưng hồ sơ hoàn thuế kéo dài hơn hai năm do cơ quan Hải quan yêu cầu xác nhận từ cơ quan Thuế về số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ. Cơ quan Thuế lại cho rằng hồ sơ kê khai trước đây chưa đủ căn cứ xác nhận, dù doanh nghiệp đã bổ sung các tài liệu liên quan. Một trường hợp tương tự tại Hà Nội cũng mất khoảng một năm để xử lý.

VAFIE đề nghị cơ quan Thuế và Hải quan chủ động phối hợp, đối chiếu dữ liệu về số thuế chưa được khấu trừ thay vì để doanh nghiệp phải tự đi xác nhận giữa các cơ quan, qua đó rút ngắn thời gian hoàn thuế và giải phóng dòng tiền cho hoạt động sản xuất kinh doanh.

VAFIE cho rằng việc tháo gỡ các vướng mắc này có ý nghĩa quan trọng đối với dòng tiền và chi phí tuân thủ của doanh nghiệp, đồng thời góp phần tăng tính ổn định, minh bạch và khả năng dự báo của môi trường đầu tư.