Doanh nghiệp lo ngại về chi phí và độ trễ thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ

Một trong những vướng mắc điển hình trong quá trình triển khai Thông tư số121/2025/TT-BTC đang nổi lên ở thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, lĩnh vực cótần suất giao dịch cao và gắn chặt với tiến độ sản xuất của doanh nghiệp.

Cụ thể, điểm 4 Khoản 53Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC sửa đổi, bố sung Điều 86 Thông tư số38/2015/TT-BTC quy định, ngườinhập khẩu tại chỗ phải làm thủ tục hải quan trong thời hạn 15 ngày kể từ ngàyhàng hóa xuất khẩu được thông quan hoặc giải phóng hàng.

Tuy nhiên, theo phản ánh từ các doanhnghiệp, trên thực tế, với các tờ khai xuất khẩu tại chỗ thuộc diện kiểmtra thực tế hàng hóa (luồng đỏ), doanh nghiệp chỉ được đăng ký tờ khai nhậpkhẩu sau khi khâu kiểm tra hoàn tất và hệ thống xác nhận thông quan.

Điều này đồng nghĩa hàng hóa buộc phảilưu giữ trên xe tải hoặc container trong thời gian chờ đợi, làm phát sinh chiphí lưu kho, lưu phương tiện và ảnh hưởng đến tiến độ giao nhận.

Một nhóm vấn đề khác xoay quanh giao dịch với doanh nghiệp ưu tiên, khi quy định yêu cầu phải thông báo trước khi thực hiện giao nhận lần đầu. Tuy nhiên, với các hợp đồng, lô hàng đang triển khai dở dang tại thời điểm Thông tư 121 có hiệu lực, cơ chế chuyển tiếp sẽ được xử lý như thế nào để không làm gián đoạn hoạt động sản xuất vẫn đang chờ cơ quan chức năng trả lời.

Bên cạnh đó, nhiều doanh nghiệpcũng đặt ra vướngmắc liên quan đến hàng tái xuất ra nước ngoài và xuất vào khu phi thuế quan.

“Liệu trong trường hợpnhập khẩu nguyên liệu gia công theo chỉ định của đối tác nước ngoài từ doanhnghiệp nội địa, sau đó lại được yêu cầu tái xuất cho chính doanh nghiệp nội địađó, nhiều đơn vị băn khoăn liệu quy trình này có phù hợp với quy định pháp luậthiện hành hay không”, các doanh nghiệpbày tỏ sự băn khoăn

Đồng thời, nhiều đơn vị cũng đề nghị làm rõ hình thức thôngbáo hợp đồng trong thủ tục hải quan, cách xử lý khi hợp đồng được sửa đổi hoặckhông nhập khẩu đủ số lượng như ban đầu, cũng như xác định rõ chủ thể có tráchnhiệm thông báo khi giao dịch với doanh nghiệp ưu tiên là bên ưu tiên hay đốitác của doanh nghiệp ưu tiên.

Từ góc độ doanh nghiệp sản xuất lớn, Công ty Toyota Việt Nam đặt vấn đề vềquy định tại Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC cho phép “giao nhận trước, mở hải quan sau”. Doanh nghiệp băn khoăn liệu cách hiểunày có đồng nghĩa với việc “sửdụng hàng hóa trước rồi mới mở tờ khai hải qua”  hay không trong bối cảnhThông tư 121 đã có hiệu lực.

Đáng chú ý, nhiều doanh nghiệp còn phản ánh sự khác biệt giữa quy định tạiNghị định số 167/2025/NĐ-CP và Thông tư số 121/2025/TT-BTC về trình tự giaonhận hàng hóa trong xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ.

Phản hồi về các vướng mắc nêutrên, Cục Hải quan cho biết đối với xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ,doanh nghiệp cần căn cứ quy định pháp luật hiện hành, phối hợp với bên nhậnhàng và đối chiếu với thực tế hoạt động sản xuất kinh doanh để thực hiện đúngquy trình.

Đối với hàng tái xuất, theoĐiều 47a Luật số 90/2025/QH15, trường hợp hàng hóa giao, nhận tại Việt Nam theochỉ định của thương nhân nước ngoài trong các hợp đồng mua bán, gia công, thuê,mượn giữa doanh nghiệp Việt Nam và thương nhân nước ngoài thì thực hiện thủ tụchải quan theo loại hình xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, Cục Hải quan nêu rõ.

Theo Nghị định 167/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp được phép giao nhận hàng hóa trước rồi làm thủ tục hải quan sau hoặc ngược lại. Trong khi đó, Thông tư 121/2025/TT-BTC lại quy định chỉ được giao hàng sau khi người nhập khẩu đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu tại chỗ tương ứng. Sự khác biệt này khiến doanh nghiệp lúng túng trong việc xác định văn bản nào có giá trị áp dụng ưu tiên trong thực tiễn.

Đối với các hợp đồng hoặc đơn hàng đã thực hiện trước ngày1/2/2026, Cục Hải quan cho biết tiếp tục áp dụng quy định tại Thông tư số38/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC cho đến kỳbáo cáo quyết toán năm 2026, qua đó bảo đảm tính liên tục và ổn định cho hoạt độngsản xuất kinh doanh.

Liên quan đến hình thức thông báo hợp đồng, Cục Hải quan cho biết doanhnghiệp có thể thông báo theo hợp đồng nguyên tắc, hợp đồng chi tiết, phụ lụchợp đồng hoặc từng đơn hàng trên hệ thống quản lý của doanh nghiệp. Việc thôngbáo có thể thực hiện qua hệ thống điện tử, bản giấy hoặc thư điện tử gửi đến cơquan hải quan quản lý.

“Trường hợp xuất khẩu vànhập khẩu thực hiện tại cùng một cơ quan hải quan thì người giao hàng thực hiệnthông báo; nếu thực hiện tại các cơ quan khác nhau thì cả người giao và ngườinhận hàng hóa đều phải thông báo cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục”, Cục Hải quan nhấn mạnh

Đốivới nội dung “giao nhận trước, mở hải quan sau”, Cục Hải quan viện dẫnKhoản 53 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC đã làm rõ người khaihải quan được sử dụng hàng hóa sau khi hoàn tất việc giao nhận hàng hóa.

Đồng thời, quy định tại Khoản 2 Điều 35 Nghị định số167/2025/NĐ-CP về việc được giao nhận hàng hóa trước, làm thủ tục hải quan sauhiện chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp ưu tiên và đối tác có hoạt động gia công,mua bán, thuê, mượn, giao nhận hàng hóa với doanh nghiệp ưu tiên theo Khoản 6Điều 86 Thông tư số 121/2025/TT-BTC.